A Prática Pedagógica do CBJM favorece a formação de pessoas compromissadas com valores humanos e cristãos, desta forma pretende ser referência em educação pastoral e ação social, reconhecido por excelência acadêmica e formação de valores; empreendedorismo educacional, social e cultural; desenvolvimento do protagonismo infanto-juvenil; efetiva articulação com a comunidade eclesial e sociedade em toda a comunidade e pelo respeito dispensado aos seus alunos, pais e colaboradores.